孙恩（？－402年），字灵秀，琅琊临沂（今山东省临沂市）人，汉族。东晋时期五斗米道士、起义军领袖，中书监孙秀之后（晋书言孙恩为孙秀之族，未说明是嫡系还是旁支）。

出身琅琊孙氏，生于会稽（今浙江绍兴）。世奉五斗米道 ，是永嘉南渡世族。隆安三年（399年），起兵反叛东晋。元兴元年（402年），进攻临海郡失败，跳海自杀。余众由妹夫卢循继续领导，史称“孙恩卢循之乱”。

孙恩海上反乱，成为“中原海寇之始”，为后世海盗活动提供了经验，成为海盗的代名词。著有《孙恩集》五卷，至今已佚。