南方医院创建于1941年，2004年8月随第一军医大学整体移交广东省，是南方医科大学（原第一军医大学）第一附属医院、第一临床医学院，是一所集医疗、教学、科研和预防保健为一体的大型综合性三级甲等医院，全国首批百佳医院。

2018年12月4日，被国家卫健委公布为首批肿瘤多学科诊疗试点医院。 2020年11月20日，被中央文明委评为第六届全国文明单位。

2021年8月，南方医科大学南方医院健康管理科被评选为第20届全国青年文明号。