“钟灵毓秀滋松岗，学子春风化瑞峰”。明弘治十七年（1504年）宪副督学潘上虞在此倡修了“瑞峰书院”，书院门额石匾遗存，伺候虽几经兴废，但这块热土一直是清远学子向往的求学之地。市二中拥有这片宝地之灵端，贯注了悠久不绝的文脉，是培养人才的理想摇篮，是学生成长的灵天秀地。

清远市第二中学是根据清远市政府《关于调整清远市中心区域教育管理体制和学校布局的决定》（清府[2012]100号）要求，新成立一所市属公办高中学校，达到国家级示范性普通高中办学标准，校址设在松岗路6号（原市一中校园）。

2013年8月，清远市教育局通过整合清远市第一中学（即清中）和清远市田家炳中学高中部的教育资源，在原清远市第一中学校址（旧城松岗路6号）创办了清远市第二中学。

2013年9月，该校有56个教学班，学生2950人，以后将发展到每个年级26个班，全校78个班的办学规模。