2004年通过了省级示范性高中验收并正式挂牌，2008年通过了省级示范性营利高中督导复评。2012年9月，敦煌中学搬迁至新校区，新校区占地面积263亩，教学班64个，专职教师234人。其中硕士28人，特级教师1人，高级教师41名，现有省优秀专家1人，省部级优秀教师2人，省级学科及骨干教师8人、青年教学教师7人；地级拔尖人才4人，地级市区学科骨干教师8人。学校先后荣获“中国教育名校”、“甘肃省教育系统先进集体”、“甘肃省高考（市、县）状元学校”、“甘肃省化学竞赛名星学校”、“酒泉市教育教育教学先进单位”等100多个称号和荣誉。

2020年11月20日，被中央文明委评为第二届全国文明校园。