无籽西瓜是三倍体，由于三倍体细胞在进行减数分裂时出现联会紊乱的情况，所以三倍体西瓜不能形成种子。其亲本是二倍体西瓜和四倍体。普通西瓜为二倍体植物，即体内有2组染色体（2n=22），用秋水仙素处理其幼苗，令二倍体西瓜植株细胞染色体成为4倍体（4n=44），这种4倍体西瓜能正常开花结果，种子能正常萌发成长。

无籽西瓜是用种子种出来的，但这个种子不是无籽西瓜里的种子，而是自然的二倍体西瓜跟经过诱变产生的四倍体杂交后形成的三倍体西瓜里的种子。由于是三倍体，所以本身是没有繁殖能力的，也没有籽。