第三次鼠疫大流行（third plague pandemic）起始于1855年的清朝云南地区，后造成1894年香港鼠疫，此后传向世界各地。 此次鼠疫的大流行至20世纪30年代达最高峰，总共波及亚洲、欧洲、美洲和非洲的六十多个国家，死亡达千万人以上。 此次流行传播速度之快、波及地区之广，远远超过前两次大流行。

19世纪末到中华人民共和国成立，中国先后发生过6次鼠疫的流行，波及20多个省（区），发病人数约115万，死亡约100万人。 其中主要疫情包括东北1910年鼠疫事件、山西鼠疫等等。

1894年，法国科学家亚历山大·耶尔森在香港首次成功分离出鼠疫杆菌（后人称“耶尔辛氏菌”）。 1897年，法国犹太裔微生物学家沃尔德玛·末底凯·哈夫金在印度孟买抗疫期间，发明了人类首剂鼠疫疫苗。 1897-1925年间，从孟买寄出了2600万剂哈夫金的鼠疫疫苗，对疫苗有效性的测试显示，死亡率降低了50%至85%。